O Colégio S. João de Brito é titular do alvará nº 980, em regime de Autonomia Pedagógica por tempo indeterminado, certificado pelo Decreto-Lei 553/80 art. 35º, alínea d.

É uma escola católica dirigida pela Companhia de Jesus. 

Rege-se pelo Ideário dos Colégios da Companhia de Jesus em Portugal.

Reconhece-se identificado com os princípios educativos que dão prioridade à dignidade da pessoa humana em todas as suas dimensões. E reconhece no Evangelho a sua de fonte inspiração, como proclamação da Libertação em Jesus Cristo: reconciliação do Homem com Deus e com os outros.
 
Sendo um Colégio da Companhia de Jesus reconhece como fonte essencial da sua inspiração a dinâmica dos Exercícios de Santo Inácio: disponibilidade para servir; capacidade de opção em ordem ao trabalho mais eficaz, mais necessário e mais urgente; atitude de discernimento orientada para a acção, numa constante auscultação da realidade e uma permanente revisão das próprias posições.