A Formação Religiosa no Colégio S. João de Brito inspira-se no documento dos Colégios da Companhia de Jesus intitulado: Características da Educação da Companhia de Jesus. "A educação da Companhia reconhece a Deus como o autor de toda a realidade, de toda a verdade e de todo o conhecimento. Deus está presente e activo em toda a criação: na natureza, na história e nas pessoas. A educação da Companhia, por conseguinte, afirma a bondade radical do mundo, carregado da grandeza de Deus, e considera cada elemento da criação como digno de estudo e contemplação, susceptível de uma exploração nunca acabada." [23]

"A educação num colégio da Companhia trata de criar um sentido de admiração e de mistério, ao estudar a criação de Deus. Um conhecimento mais completo da criação pode levar a um conhecimento melhor de Deus e a um maior desejo de trabalhar com Ele na Sua criação. Os programas são explicados de tal maneira que os alunos, num reconhecimento humilde da presença de Deus, encontrem gosto na sua aprendizagem e sintam o desejo de um maior e mais profundo conhecimento." [24]